Skillnad mellan Probe och Primer

Huvudskillnad - Probe vs Primer

PCR är en teknik som används i bioteknik för att amplifiera specifika DNA-fragment för olika ändamål. Sond och primer är två typer av enkelsträngade, oligonukleotider som används i olika typer av PCR. Prober används huvudsakligen i qPCR medan syntetiska primrar används i alla typer av PCR. De huvudskillnad mellan sond och primer är att sonden är det sonden används för att detektera närvaron av ett specifikt DNA-fragment i blandningen genom hybridisering med en dubbelsträngad DNA, medan primer används vid initiering av polymeraskedjereaktionen genom hybridisering med enkelsträngat DNA. Generellt används primrar vid initiering av DNA-replikation inuti cellen. Prober används också i hybridiseringsreaktioner.

Viktiga områden som omfattas

1. Vad är en Probe
     - Definition, design, betydelse
2. Vad är en Primer
     - Definition, design, betydelse
3. Vad är likheterna mellan sond och primer
    - Översikt över gemensamma funktioner
4. Vad är skillnaden mellan Probe och Primer
   - Jämförelse av viktiga skillnader

Viktiga termer: Hybridisering, oligonukleotider, PCR, Primer, Probe, QPCR

Vad är en Probe

Probe är ett fragment av DNA eller RNA som används för att detektera närvaron av ett specifikt DNA-fragment i ett prov. Därför kan prober användas för två typer av tekniker, i qPCR och i hybridiseringsreaktioner. Fyra fakta bör beaktas vid utformningen av en sond.

1. Plats - Proberna bör hybridisera med DNA-strängen i närheten av omvänd eller framåtriktad primer. Men det bör inte överlappa med primerbindningsställena. Generellt hybridiserar prober med antingen DNA-duplekssträngen.
2. Smältningstemperatur (Tm) - Sondens smältningstemperatur bör vara 6-8 ° C högre än primerns.
3. Annealingstemperatur (Ta) - Experimentets glödgningstemperatur bör vara 5 ° C under primers smälttemperatur.
4. GC-innehåll - Sondens GC-innehåll bör vara 35-65%. Sondens 5 'ände bör inte innehålla en G.

I qPCR märks prober med fluorescerande färgämnen eller radioaktiva element. Dessa prober hybridiseras med målsekvensen i DNA-duplexen. Olika typer av märkta prober, antingen med radioaktiva element eller fluorescens, används också i olika typer av hybridiseringsreaktioner. Hybridiseringen av PNA-proberna till deras målsekvenser visas i Figur 1. PNA-prober används för att bestämma längden av telomererna.

Figur 1: Hybridisering av PNA-prober

Under hybridisering binder proberna till det enkelsträngade DNA på ett komplementärt sätt. 

Vad är en Primer

Primer hänför sig till en kort sträng av DNA eller RNA som fungerar som utgångspunkt för DNA-syntes. RNA-primrar användes inuti cellen för att initiera DNA-replikationen med hjälp av DNA-polymeras. Syntetiska DNA-primrar användes mestadels i PCR för att amplifiera det önskade DNA-fragmentet. Målsekvensen flankeras av två primrar som är kända som framåtprimer och omvänd primer. specificitet och komplementaritet är de primära faktorerna vid utformningen av primers. Sekundära strukturer bör också undvikas. Andra faktorer som bör beaktas vid utformningen av primers beskrivs nedan.

1. Smältningstemperatur (Tm) - Den optimala smälttemperaturen för både fram- och bakre primer bör vara 60-64 ° C.
2. Annealingstemperatur - Experimentets glödgningstemperatur bör vara 5 ° C under smältpunkten för varje primer.
3. GC-innehåll - GC-innehållet i primers bör vara 35-65%.

Glödgningen av den främre och bakre primeren till de två strängarna i mål-DNA visas i figur 2.

Figur 2: Primer Annealing

Vid DNA-sekvensering används primrar i amplifiering av målfragmentet. Primers kan märkas antingen med radioaktiva element eller fluorescens för olika detektionsändamål. 

Likheter mellan Probe och Primer

• Sond och primer är två typer av enkelsträngade oligonukleotider som används i olika PCR-tekniker för att hybridisera med komplementärt DNA.
• Både sond och primer är specifika för ett visst DNA-fragment.
• Både sond och primer kan vara antingen DNA / RNA.
• Båda sonderna och primern har specifika temperaturer för anneal med målsekvensen.
• Båda sond och primer kan vara intrasslad med en fluorofor för detektering.

Skillnad mellan Probe och Primer

Definition

Sond: Probe är ett fragment av DNA eller RNA som används för att detektera närvaron av ett specifikt DNA-fragment i ett prov.

Primer: Primer är en kort sträng av DNA eller RNA som fungerar som utgångspunkt för DNA-syntes.

Roll

Sond: Prober används för att detektera ett specifikt DNA-fragment i qPCR.

Primer: Primers används för att initiera DNA-replikationen. Det används också vid initiering av PCR.

Längd

Sond: Längden på en sond kan sträcka sig från 25-1000 baspar.

Primer: Längden på en primer kan sträcka sig från 18-22 baspar.

hybridisering

Sond: Prober hybridiseras med dubbelsträngad DNA.

Primer: Primers hybridiseras med enkelsträngad DNA.

märkning

Sond: Prober är generellt märkta med en fluorofor för detektering.

Primer: Primers kan märkas utifrån syftet.

Slutsats

Sond och primer är två typer av enkelsträngade oligonukleotider som används i olika typer av PCR. Prober används vid detektering av specifika DNA-fragment i qPCR. Primers används för att initiera DNA-replikation inuti cellen och de används också vid initiering av PCR. Därför är huvudskillnaden mellan sond och primer deras syfte.

Referens:

1. Designing PCR primers and probes, Integrerad DNA-teknik, tillgänglig här.

Image Courtesy:

1. "Q-FISH-arbetsflöde" Genom Jclam på engelska Wikipedia (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Primers RevComp Elongation" av Richard Wheeler (Zephyris) - eget arbete (CC BY-SA 3.0) via Wikimedia Commons