Skillnad mellan koloni och plaquehybridisering

De huvudskillnad mellan koloni och plackhybridisering är att kolonihybridisering är metoden som används vid valet av bakteriekolonier med de önskade generna medan plackhybridiseringen är urvalsmetoden för fager med önskade gener. Vidare kan kolonihybridisering användas vid screening av plasmid- eller kosmidbaserade bibliotek medan plackhybridisering kan användas vid screening av fagbibliotek.

Koloni- och plackhybridisering är två tekniker som används vid screening av genomiska eller cDNA-bibliotek. De kallas också kolonihiss och placklyft respektive.

Viktiga områden som omfattas

1. Vad är Colony Hybridization
     - Definition, Typ av bibliotek, Screening Methods
2. Vad är plaquehybridisering
     - Definition, Typ av bibliotek, Screening Methods
3. Vad är likheterna mellan koloni och plaquehybridisering
     - Översikt över gemensamma funktioner
4. Vad är skillnaden mellan koloni och plaquehybridisering
     - Jämförelse av viktiga skillnader

Nyckelbegrepp

Koloni, kolonihybridisering, biblioteksscreening, plaque, plaquehybridisering

Vad är Colony Hybridization

Kolonihybridisering är en screeningsmetod som används vid valet av bakteriekolonier med en önskad DNA-sekvens. Det kallas också koloni-blothybridisering, kolonihissning eller replikplätering. Det möjliggör screening av kolonier pläterade med hög densitet. Den ursprungliga proceduren för kolonihybridisering utvecklades först av Grunstein och Hogness. Först kan bakteriekolonierna transformeras på ett membran och bakteriekolonierna lyseras och exponerar nukleinsyrorna. Därefter fixeras de exponerade nukleinsyrorna på membranet genom att denaturera dem och hybridiseras med de radioaktiva proberna.

Figur 1: Kolonihybridiseringsmetod

En koloni är ett kluster av bakterier som utvecklats från en enda bakteriecell genom aseksuell reproduktion. Därför har alla bakterieceller i en viss koloni samma genetiska smink såväl som det transformerade genetiska materialet. Generellt transformeras bakterier med hjälp av plasmid- eller kosmidvektorer.

Vad är plaquehybridisering

Plackhybridisering är screeningsmetoden för rekombinanta fager. Det är en modifiering av kolonihybridisering av Benton och Devis år 1977. Metoden kallas också placklyft. Platthybridiseringsförfarandet liknar kolonihybridiseringsförfarandet och plackerna lyfts genom att man kontaktar dem med ett nitrocellulosamembran. Nukleinsyror exponeras sedan och fixeras till membranet, hybridiserande med önskade prober.

Figur 2: Plåtar på en agarplatta

En plack är en tydlig zon på en agarplatta som produceras av en viss bakteriofag genom lysering av bakterieceller på området. På grund av den mindre mängden DNA som överförs till nitrocellulosamembranet ger plackhybridisering färre bakgrundssignaler.

Likheter mellan koloni och plaquehybridisering

• Koloni- och plackhybridisering är två tekniker som används vid screening av genomiska eller cDNA-bibliotek.
• Huvudprincipen i båda teknikerna är nukleinsyrahybridiseringen.
• Båda är filterhybridiseringsmetoder som tillåter primär screening av bibliotek genom situ-replikation på ett nitrocellulosamembran.
• De möjliggör screening med hög densitet.
• En enkelsträngad DNA-molekyl användes som en sond som kan hybridisera till dess komplementära sekvens för att identifiera de specifika sekvenserna.
• Båda hybridiseringsteknikerna är snabba och kan hantera ett mycket stort antal kloner.
• De används vid identifieringen av ofullständiga gensekvenser, som inte kan uttryckas.

Skillnad mellan koloni och plaquehybridisering

Definition

Kolonihybridisering hänför sig till en metod för att välja bakteriekolonier med önskade gener medan plackhybridisering hänför sig till en screeningsmetod som användes vid identifieringen av rekombinanta fager.

Utvecklad av

Kolonihybridiseringen utvecklades först av Grunstein och Hogness medan plackhybridiseringen först utvecklades av Benton and Devis 1977.

Typer av bibliotek

Kolonihybridisering innefattar identifiering av plasmid- eller kosmidbaserade bibliotek medan plackhybridisering innefattar identifiering av fagbibliotek.

Antal hissar

Kolonier kan lyftas för en enda gång medan plack kan lyftas flera gånger.

Bakgrundssignaler

Fler bakgrundssignaler uppträder vid kolonihybridisering medan bakgrundssignalerna är mindre i plackhybridisering.

Slutsats

Kolonihybridiseringen är ett screeningsförfarande för bakteriella kolonier i biblioteken som produceras med plasmid- eller kosmidvektorer. Å andra sidan är plackhybridisering en screeningsmetod för bakteriofager i fagbiblioteken. Huvudskillnaden mellan koloni och plackhybridisering är vilken typ av bibliotek som screenas i varje metod.

Referens:

1. Kaksonen, Anna. "Molecular Approaches for Microbial Community Analysis." Utlakning - BioMineWiki, 20 Apr. 2006, Tillgänglig här
2. Dale, J W och P J Greenaway. "Identifiering av rekombinanta fager genom plaquehybridisering." Metoder i molekylärbiologi (Clifton, N.J.), U.S. National Library of Medicine, tillgängligt här

Image Courtesy:

1. "Blot Hybridization" Av Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) via Commons Wikimedia 
2. "M. smegmatis plaque "Av Wazzzup7up - Egent arbete (Public Domain) via Commons Wikimedia