Skillnad mellan SDS Page och Native Page

Huvudskillnad - SDS Page vs native Sida
 

SDS och inhemsk sida är två typer av polyakrylamidgelelektrofores-tekniker som används i molekylärbiologi. De nyckelskillnad mellan SDS Page och Native Page är typen av polyakrylamidgel som används. I SDS-sidan används en denaturerande gel därför separeras molekylerna baserat på deras molekylvikt. Däremot används icke-denaturerande geler på indianen sida. Därför separeras molekylerna baserat på deras storlek, laddning och form.

Polyakrylamidgelelektrofores (Sida) använder en gel tillverkad genom att polymerisera akrylamidmonomerer med metylenbisakrylamid. Polyakrylamiden är hårdare och mer värmestabil än agaros. Polyakrylamidgelerna har en mindre porstorlek som möjliggör effektiv separation av proteiner. Det finns två huvudtyper av sidinställningar, nämligen SDS Page och Native Page. SDS-sida eller Natrium-dodecylsulfatpolyakrylamidgelelektrofores separerar proteiner baserat på deras molekylvikter. Denatureringsgeler används i SDS Page. Native Page använder icke-denaturerande geler och separerar proteiner baserat på deras storlek, laddning och formen (3D-konformation).

INNEHÅLL

1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är SDS-sida
3. Vad är inbyggd sida
4. Likheter mellan SDS Page och Native Page
5. Jämförelse vid sida vid sida - SDS-sida vs infödd sida i tabellform
6. Sammanfattning

Vad är SDS-sida?

SDS Page är den vanligaste elektroforetiska tekniken som används för att separera proteiner baserat på molekylvikten. Gelén framställs genom tillsats av SDS (natriumdodecylsulfat), vilket är ett tvättmedel. SDS protesproteser i monomerer. SDS är ett anjoniskt rengöringsmedel. Därför lägger den till en netto negativ laddning för proteinerna inom ett brett pH-område. När den netto negativa laddningen ges på proteinmolekylerna, på grund av laddningsvariationen bryts ned de komplexa strukturerna. På grund av den negativa laddningen attraherar proteiner mot den positiva änden. Således rör molekyler med lägre molekylvikt snabbare på gelmatrisen och kan observeras nära anoden, medan proteiner med högre molekylvikt observeras närmare brunnarna.

Figur 01: SDS-sida

SDS-bindningen till polypeptidkedjan är proportionell mot dess relativa molekylmassa. Därför kan molekylmassan också bestämmas via SDS Page. Färgningen av SDS Page-geler görs genom bromfenolblåfärgning. Tillämpningar av SDS-sidintervall i större utsträckning där den kan användas för att uppskatta den relativa molekylmassan och att bestämma proteinets relativa överflöd i en proteinblandning. SDS-sidan kan också användas för att bestämma proteinfördelningen i en blandning av proteiner. SDS Page appliceras också för att rena och utvärdera proteiner. Det används som ett preliminärt förfarande för western blotting och hybridisering, som i sin tur används för proteinmappning och identifiering.

Vad är inbyggd sida?

Nativ polyakrylamidgelelektrofores (infödd sida) använder en icke-denaturerande gel. Därför sätts inte SDS eller något annat denatureringsmedel till gelmatrisen. På inbyggd sida är separationen av proteiner baserad på laddningen och storleken av proteinet. Därför beror proteinets rörlighet på laddningen och storleken på proteinet.

Laddningen av proteinet beror på aminosyrans sidokedjor. Om sidokedjorna är negativt laddade får proteinet en generell negativ laddning och vice versa. Proteiner behåller en 3D-konformation på grund av vikningen som äger rum. Foldning resulterar från de flera bindningstyperna i proteiner såsom disulfidbindningar, hydrofoba interaktioner och vätebindningar. Om därför den ursprungliga sidan bäres vid ett neutralt pH, separeras proteinerna i enlighet med molekylär form av proteinet. Därför kan inbyggd sida användas som en känslig teknik för att detektera förändringen i laddning eller konformation av proteinet.

Den främsta fördelen med inhemsk sida är att proteinet som används för Sidanalysen kan återvinnas i sitt ursprungliga tillstånd efter Sidanalysen, eftersom proteinet inte störs under processen. Native Page är en relativt hög genomströmningsteknik, och proteinets stabilitet ökar.

Figur 02: Inbyggd sida

Efter avslutad gelkörning kan den indianska sidan gelén betraktas genom färgning med bromfenolblått eller något annat lämpligt färgningsreagens. Applikationerna av indianen innehåller separering av sura proteiner inklusive glykoproteiner såsom humant rekombinant erytropoietin eller identifieringen av proteiner närvarande i bovint serumalbumin (BSA).

Vad är likheterna mellan SDS-sidan och inbyggd sida?

• Både SDS Page och Native Page-system använder polyakrylamidgel som matrisen av gelén.
• Båda används för separation och identifiering av proteiner.
• Båda använder elektroforetisk rörlighet för att separera föreningarna.
• Båda kan göras vertikalt eller horisontellt (oftast gjort som vertikala sidopositioner eftersom körlängden är mer).
• Elektroforesapparaten inklusive geltanken, kammen, strömförsörjningen krävs för driften av båda teknikerna.
• Visualiseringen av gelén kan göras genom färgning metoder i båda teknikerna.

Vad är skillnaden mellan SDS Page och Native Page?

SDS-sida vs infödd sida
SDS-sida eller natrium-dodecylsulfatsidan separerar proteiner baserat på deras molekylvikt och det använder en denaturerande gel.	Native Page använder icke-denaturerande geler och separerar proteiner baserat på deras storlek, laddning och formen (3D-konformation).
Typ av gel
En denatureringsgel används i SDS-sidan.	En icke-denaturerande gel används på den ursprungliga sidan.
Närvaro av SDS
SDS är närvarande som tvättmedel för att ge negativ laddning på provet på SDS-sidan.	SDS finns inte på den ursprungliga sidan.
Separationsbasen
Separation av proteiner beror på molekylvikten hos proteinet i SDS-sidan.	Separationen beror på storleken och formen på proteinmolekylen på den ursprungliga sidan.
Stabilitet hos proteinet
Stabiliteten hos proteinet är låg i SDS-sidan.	Stabilitet hos protein är högt på den ursprungliga sidan.
Återvinning av det ursprungliga proteinet
Ej möjligt eftersom det denatureras på SDS-sidan.	Möjlig på den inledande sidan.

Sammanfattning - SDS Page vs Native Sida

SDS-sida och inbyggd sida är två typer av polyakrylamidgelelektrofores-tekniker som används för att separera proteiner. SDS Page behandlas med ett tvättmedel som heter SDS. SDS ger en övergripande negativ laddning till proteinet, vilket sedan resulterar i denaturering av proteinet. Därför separeras proteinerna baserat på deras molekylvikt. I motsats till detta använder inte indiantekniken ingen detatureringsmedel. Således separeras proteinerna antingen baserat på deras storlek eller form. Detta är skillnaden mellan SDS-sidan och den inledande sidan.

Referens:

1. "Principen och metoden för polyakrylamidgelelektrofores (SDS-PAGE)." Principen och metoden för polyakrylamidgelelektrofores (SDS-PAGE) | MBL Life Sience-ASIA-. Tillgänglig här
2. "Inbyggda geler". Alliansproteinlaboratorier | Biophysical Characterization Services. Tillgänglig här  

Image Courtesy:

1.SDS-PAGE Electrophoresis'By konto på engelska Wikipedia, (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia  
2.Ladda ett prov i en polyakrylamidgelelektroforesbrunn "Blå Nemec från Ljubljana, Slovenien (CC BY-SA 2.0) via Commons Wikimedia