Skillnad mellan trubbig och klibbig slutbehandling

Huvudskillnad - Blunt vs Sticky End Ligation
 

Restriktionsendonukleaser är specifika enzymer som skär dubbelsträngat DNA (dsDNA). De är också kända som molekylära saxar i molekylärbiologi. Restriktionsenzymer kan känna igen specifika korta sekvenser av dsDNA som är kända som igenkänningssställen och klyvning av fosfodiester och vätebindningar för att öppna dubbla strängar. Som ett resultat av klyvning av dessa enzymer produceras DNA-fragment med olika typer av ändar, såsom klibbiga ändar och trubbiga ändar. DNA-ligas är ett enzym som används i molekylärbiologi för att sammanfoga två intilliggande DNA-strängar genom att bilda nya bindningar. Steget är känt som ligering och enligt typen av DNA-änden ligerad, kan de hänvisas till som ojämn ändligering och klibbig slutligering. Den viktigaste skillnaden mellan trubbig och klibbig slutligering är det trubbig ändligering sker mellan DNA-fragment som innehåller två trubbiga ändar medan klibbig slutligering uppstår mellan 5'- och 3'-överhängen. Jämfört med trubbig slutligering är klibbig slutligering mer effektiv och stabil.

INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är Blunt End Ligation
3. Vad är Sticky End Ligation
4. Jämförelse vid sida vid sida - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Sammanfattning

Vad är en Blunt End Ligation?

Vissa restriktionsendonukleaser kan skära DNA: n i motsatta baser och producera stumma änd-DNA-fragment. Dessa enzymer är kända som trubbiga ändfräsar; De klyver rakt ner till mitten av restriktionsstället utan att lämna ensamsträngade överhängande baser. Stumma ändar är också kända som icke överhängande ändar eftersom de inte har 3 'och 5' överhängande baser i ändarna. Båda strängarna avslutas från baspar i trubbiga ändar. Vanliga stumma ändskärningsenzymer är EcoRV HaeIII, AluI och Smal.

Blunt slutligering är inblandad mellan två trubbiga ändar. Det är inte en ligering av utskjutande baser. Denna ligering är mindre effektiv än klibbig slutligering. I vissa tillfällen blir dock en ändlig ligering mer fördelaktig än klibbig slutligering, speciellt vid ligering av PCR-produkter. PCR-produkter tillverkas alltid med trubbiga ändar. Blunt ändligering kräver inte komplementära ändar i DNA för ligering.

Figur 01: Blunt slutproduktion av Eco RV enzym

Vad är en klibbig slutligering?

Vissa restriktionsendonukleaser kan skära dsDNA och lämnar en överhängande bit av enkelsträngad DNA i slutet. Dessa ändar är kända som klibbiga eller överhängande ändar. Klibbig slutligering uppträder mellan två DNA-fragment som innehåller matchande överhäng, eftersom klibbiga ändar är besatta med icke-parade baser och kräver komplementära baser för att bilda bindningar. Det är följaktligen nödvändigt att använda samma restriktionsenzym för båda källor av DNA för att producera matchande ligeringsfragmenten.

Klibbig slutligering är effektivare och är ofta mycket önskvärt vid kloningsprocesser. Det finns flera restriktionsenzymer som producerar klibbiga ändar. De är EcoRI, BamHI, Hindlll etc.

Figur 02: Sticky slutproduktion av Eco RI enzym

Vad är skillnaden mellan Blunt och Sticky End Ligation?

Blunt vs Sticky End Ligation
Blunt ändligering uppstår mellan två stumma änd-DNA-fragment.	Klibbig slutligering uppstår mellan två matchande DNA-fragment med klibbiga ändar.
enzymer
Stumma ändfräsar producerar trubbiga ändar.	Klibbiga ändfräsar ger klibbiga eller sammanhängande ändar.
Krav på matchande slut
Det kräver inte matchande fragment eller kompletterande baser.	Det kräver kompletterande baser vid ändarna för att bilda baspar.
Effektivitet
Det är mindre effektivt än klibbig slutligering	Det är effektivare än trubbig slutligering.

Sammanfattning - Blunt vs Sticky End Ligation

Restriktionsendonukleaser kan klyva dsDNA och producera DNA-fragment med olika ändar. De känner igen specifika sekvenser och begränsar DNA som skapar klibbiga och trubbiga ändar. Klibbiga ändar har oparmade baser i slutet av fragmenten. Stumma ändar skapas på grund av en rak klyvning och de har baspar i ändarna. Klibbig slutligering kräver två komplementära enkelsträngade DNA-bitar. Stumlig slutligering uppträder mellan några två trubbiga ändfragment. Detta är skillnaden mellan trubbig och klibbig ligering.

referenser:
1. Roberts, Richard J. "Hur restriktionsenzymer blev arbetshästar i molekylärbiologi." Förlopp från National Academy of Sciences. National Acad Sciences, n.d. Webb. 12 april 2017
2. Adnan, Amna Användning av restriktionsenzymer inom bioteknik. N.p., n.d. Webb. 12 april 2017

Image Courtesy:
1. "EcoRV Restriction Site.rsh" Av Ramin Herati - Skapat med Inkscape (Public Domain) via Commons Wikimedia
2. "Restriktionsenzym Eco RI" Av Tinastella - Egent arbete (Public Domain) via Commons Wikimedia