Skillnad mellan roten och odödade filogenetiska träd

Huvudskillnad - Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree
 

Phylogeny är ett viktigt fält som utforskar livet på jorden genom tiden. Det avslöjar sambandet mellan organismer med sina förfäder och efterkommande. Relationerna mellan organismer representeras schematiskt av olika trädliknande representationer som dendogram, kladogram, fenogram, phylogram, etc. Ett fylogenetiskt träd är ett förgrenande trädliknande diagram som förklarar de fylogenetiska relationerna mellan organismer med mängden evolutionärt avstånd. Det finns två huvudtyper av fylogenetiska träd som kallas rotade och oroade. Huvudskillnaden mellan det rotade och det obelagda fylogenetiska trädet är det rotad träd visar trädets mest basala förfader medan orotad fylogenetiskt träd visar inte en stamfader.

INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är ett rött filogenetiskt träd
3. Vad är ett oroat filogenetiskt träd
4. Jämförelse vid sida vid sida - Roten mot obelagda filogenetiska träd
5. Sammanfattning

Vad är ett rött filogenetiskt träd?

Ett rotat fylogenetiskt träd tjänar som ett användbart diagram som visar evolutionär historia. Den har en basalnod som kallas roten, som representerar den gemensamma förfader till alla trädets grupper. Roten på ett träd anses vara den äldsta punkten i trädet som representerar den sista gemensamma förfader till alla grupper som ingår i trädet. Därför visar ett rotat träd riktningen för evolutionstiden. Från en enda art av ett rotat träd kan det gemensamma förfäderna eller artens förfader hittas genom att spåra tillbaka till basalnoden. Eftersom det rotade trädet visar utvecklingen av evolutionstiden är det lätt att hitta de äldre eller nyare grupperna den har. Ett rotad träd kan användas för att studera hela organismerna. Noggrann rotning av ett fylogenetiskt träd är en viktig och avgörande faktor, eftersom felaktig rötning kan resultera i felaktiga tolkningar av genetiska förändringar mellan organismer och deras riktning i utvecklingen.

Figur 01: Ett rött filogenetiskt träd

Vad är ett oroat filogenetiskt träd?

Ett oboterat fylogenetiskt träd är ett fylogenetiskt diagram som saknar en gemensam förfader eller en basal nod. Denna typ av ett träd indikerar inte utvecklingen av de intressanta grupperna. Det avbildar bara förhållandet mellan organismer oavsett den evolutionära tidslinjens riktning. Därför är det svårt att studera gruppernas evolutionära relationer i förhållande till tiden med hjälp av ett orörd träd.

Det finns två huvudsakliga sätt att rotera ett oroat fylogenetiskt träd. Dom är

• Hitta en grupp - Detta kräver förkunskaper om relationerna mellan taxa. Då kan en taxon som ligger utanför gruppen användas som en outgrupp för att rita ett rotat fylogenetiskt träd

• Hitta mittpunkten eller avståndet - Midten av de mest avlägsna två taxorna i trädet kan antas som en rot för det fylogenetiska trädet.

Figur 02: En obelagd filogenetisk träd

Vad är skillnaden mellan röda och orodda filogenetiska träd?

Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree
Ett rotat fylogenetiskt träd är ett diagram som visar gruppens sista gemensamma förfader.	Ett oboterat fylogenetiskt träd visar förhållandet mellan organismer utan att visa den gemensamma förfader.
Nod
Den har en nod (root).	Det har ingen nod.
Evolutionens riktning
Den har en riktning för att indikera evolutionstiden.	Det anger inte ett evolutionärt förhållande.
Hållning mot andra
Träet gör det möjligt att bestämma förfader - efterkommande förhållandet mellan grupper.	Träet tillåter inte att prata om förfader - ättlingar förhållande.

Sammanfattning - Rooted vs Unrooted Phylogenetic Tree

Ett fylogenetiskt träd representerar de evolutionära vägarna och kopplingar mellan organismer med hjälp av en grenad trädliknande diagram. Fylogenetisk tress kan vara rotad eller oroad. Ett rotat träd har en nod vid basen som representerar den gemensamma förfader som förbinder alla intressegrupper. Ett orotat träd visar relationerna mellan organismer. Det beskriver emellertid inte den gemensamma förfader som alla grupper delar. Detta är skillnaden mellan roten och oavlösta fylogenetiska träd.

referenser:
1. "Träd" Fakta: Rooted mot Unrooted Trees. "National Center for Biotechnology Information. U.S. National Library of Medicine, n.d. Webb. 04 april 2017
2. Graham, Sean W., Richard G. Olmstead och Spencer C. H. Barrett. "Röda filogenetiska träd med avlägsna grupper: En fallstudie från de kommelinoida monocoterna." Molekylärbiologi och evolution. Oxford University Press, 01 okt 2002. Web. 04 april 2017