Skillnad mellan AFLP och RFLP

Huvudskillnad - AFLP vs RFLP

DNA-studier har en enorm betydelse för att förstå och bestämma fylogenetiska relationer, diagnostisera genetiska sjukdomar och kartlägga organismens genomer. Flera tekniker associerade med DNA-analys används också för identifiering av en speciell gen eller en DNA-sekvens i en pool av okänt DNA. De är kända som molekylmarkörer. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) och Restriktion Fragment Längd Polymorfism (RFLP) är två sådana molekylära markörer (metoder) utvecklade i molekylärbiologi för att detektera genetisk variation mellan organismer. Båda metoderna är lika viktiga och har fördelar och nackdelar. Nyckelfaktorn mellan AFLP och RFLP är det AFLP involverar selektiv PCR-amplifiering av den digererade DNA medan RFLP inte involverar selektiv PCR-amplifiering av DNA-fragmenten.

INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är AFLP
3. Vad är RFLP
4. Jämförelse vid sida vid sida - AFLP vs RFLP
5. Sammanfattning

Vad är AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) är ett viktigt verktyg inom molekylärbiologi och används i stor utsträckning vid analys av genetisk variation. AFLP är baserat på den specifika PCR-amplifieringen av det fragmenterade genomiska DNA och detektering av polymorfismen medelst autoradiografer via gelelektrofores. AFLP bidrar i stor utsträckning till att identifiera genetiska skillnader i stammar eller närbesläktade arter av olika kungarikor inklusive växter, djur, bakterier och svampar. AFLP kan utföras med små mängder okända DNA-prover. Det kräver inte tidigare sekvenskunskap och design av sonder.

Steg av AFLP

Isolering av DNA
Digestion av DNA med restriktionsendonukleaser
Ligering av de bundna DNA-fragmenten med adaptrar
Selektiv amplifiering av fragmenten med specifika restriktionsställen
Separering av PCR-produkterna genom gelelektrofores
Visualisering av gelmatrisen genom autoradiograf

AFLP är en mer känslig och reproducerbar metod som kan användas vid DNA-profilering av flera taxa inklusive svampar, bakterier, växter och djur utan föregående kunskap om DNA-sekvenser. Det bidrar till att identifiera små skillnader mellan individer i befolkningar på grund av dess mycket känsliga natur. AFLP är också viktigt vid genombildning, rättsmedicinska studier, föräldraprovning, genotypning etc..

Figur 01: AFLP

Vad är RFLP?

Restriktionsfragmentlängdspolymorfier (RFLP) är en teknik som används för att detektera de genetiska variationerna i homologa DNA-sekvenser. Det är den första metoden som utvecklats för DNA-profilering. Organismer har unika DNA-fingeravtryck eller DNA-profiler. RFLP fungerar som ett viktigt verktyg för att analysera variationen mellan DNA-profiler av intraspecifika eller närbesläktade organismer, eftersom homologa sekvenser har olika restriktionsställen (platser) som är unika för en viss organism. När homologt DNA digereras med specifika restriktionsendonukleaser kommer det att resultera i olika DNA-profiler som är unika för varje individ. Därför är huvudmannen för denna metod detektion av genetisk variation bland organismer genom att begränsa homologt DNA med specifika restriktionsenzymer och analys av fragmentlängdspolymorfismen via gelelektrofores och blottning. Blottningsmönster är unika för varje organism och karakteriserar de specifika genotyperna.

Steg av RFLP

Isolering av tillräcklig mängd DNA från prover
Fragmentering av DNA-proverna med specifika restriktionsendonukleaser i kort sekvens
Separering av de resulterande fragmenten med olika längder genom agarosgelelektrofores.
Överföring av gelprofilen till ett membran genom Southern blotting
Hybridisering av membranet med märkta prober och analys av fragmentlängdspolymorfismen i varje profil

RFLP är en väldigt viktig teknik för att upptäcka sjukdomsarv och att finna risken för sjukdomsörekomsten bland familjemedlemmar. RFLP används också ofta i genomkartläggning, identifiering av brottslingar i rättsmedicin, faderskapstestning etc. RFLP har också flera begränsningar. RFLP kräver förkunnande av sekvensdata för att designa prober för hybridisering. Det kräver också isolering av tillräcklig mängd DNA från provet för att analysera vilket är svårt i rättsmedicinska studier.

Figur 01: RRFLP-kartläggning

Vad är skillnaden mellan AFLP och RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP involverar selektiv PCR-amplifiering av den digererade DNA.	RFLP innebär inte PCR om det inte är PCR-RFLP.
Sequence Knowledge
Förutgående sekvenskunskap är inte nödvändig.	Förutgående sekvenskunskap krävs för att utforma RFLP-sonder.
Pålitlighet
Detta är mer tillförlitligt.	Detta är mindre tillförlitligt jämfört med AFLP.
Effektivitet vid upptäckt av polymorfism
Detta har en högre effektivitet vid detektering av polymorfism än RFLP.	Detta är mindre effektivt jämfört med AFLP.
Kosta
Detta är lite dyrt jämfört med RFLP.	Detta är billigare jämfört med AFLP.
tillämpningar
AFLP har applicerats på genomkartläggning, DNA fingeravtryck, genetiska mångfald studier, faderskap testning och rättsmedicin	RFLP-analys är ett viktigt verktyg i genomkartläggning, lokalisering av gener för genetiska störningar, bestämning av risk för sjukdom och faderskapstestning.

Sammanfattning - AFLP vs RFLP

AFLP och RFLP är två tekniker som används som genetiska markörer för utvärdering av mångfald och bedömning av genetiska relationer i molekylärbiologi. AFLP fungerar som en effektiv och känslig metod för detektering av genetisk polymorfism mellan organismer än RFLP. Emellertid, även om båda dessa metoder har olika effektiviteter vid detektering av genetiska variationer, används de fortfarande för DNA-fingeravtryck och sjukdomsdiagnos.

Referens:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. och Anete P. De Souza. "Jämförelse av RAPD, RFLP, AFLP och SSR markörer för mångfald studier i tropiska majs innavlade linjer." Genetik och molekylärbiologi. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 mars 2017
2. "Restriktionsfragmentslängdspolymorfism (RFLP)." National Center for Biotechnology Information. U.S. National Library of Medicine, n.d. Webb. 19 mars 2017
3. Masiga D. K. och Turner C. M. (2004). "Amplified (restriction) fragment length polymorphism (AFLP) analysis". Metoder Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Webb. 19 mars 2017

Image Courtesy:
1. "ALFP" Av Barbarossa på Holländska Wikipedia - Överförd från nl.wikipedia till Commons. (Public Domain) via Commons Wikimedia
2. "RFLP-kartläggning" av Retama - eget arbete (GFDL) via Commons Wikimedia

Biologi