Så här läser du en plasmidkarta

En plasmidkarta är de relativa lägena för elementen inom plasmiden. En plasmidkarta kan läsas genom att förstå egenskaperna hos plasmiden. De är namnet och storleken på plasmiden, elementen i plasmiden, deras relativa lägen och orienteringen av promotorn. Uppkomsten av replikation (ORI), antibiotikaresistensgen, multipelkloningsställe (MCS), insats eller gen av intresse, promotorregion, selekterbar markör och primerbindningsställe är elementen i en plasmid. De relativa lägena för elementen i en plasmid kan bestämmas genom att kartlägga plasmiden. Processen som är inblandad i kartläggningen av plasmider kallas restriktionskartläggning.

Viktiga områden som omfattas

1. Vad är en plasmidkarta
     - Definition, Begränsning Kartläggning
2. Så här läser du en plasmidkarta
     - Egenskaper hos en plasmid MapP

Viktiga termer: Element, namn och storlek på plasmiden, promotorens orientering, plasmidkarta, restriktionsenzymer, restriktionskort

Vad är en plasmidkarta

En plasmidkarta är en grafisk representation av en plasmid, vilken visar läget för större landmärken eller element i plasmiden. De relativa lägena av element i en plasmid kan identifieras med begränsning kartläggning. En restriktionskarta är en karta över restriktionsigenkänningsställen inom en viss plasmid. Följaktligen är det involverat i digestionen av plasmiden genom restriktionsenzymer. En begränsningskarta visas i Figur 1.

Figur 1: Begränsningskarta

Två metoder kan användas i begränsningskartläggning:

1. Begränsning Digestion

- Restriktionsmältning av plasmiden med en eller två restriktionsenzymer

- Kartläggning av plasmiden baserad på storleken av fragmenten resulterade från plasmiden

2. Sekvensering

- Sekvensering av hela plasmiden

- Identifiering av elementen i plasmiden

Så här läser du en plasmidkarta

Figur 2: Plasmidkarta

Läsningen av en plasmidkarta fokuserar huvudsakligen på egenskaperna hos plasmiden. Dom är;

1. Plasmidens namn och storlek

• Namnet och storleken på plasmiden anges i mitten av den cirkulära plasmiden.

2. Elementen i en plasmid -

• Reproduktionsstart - DNA-sekvensen involverad i initiering av replikation genom att rekrytera den bakteriella transkriptionsmaskinen.
• Antibiotikaresistensgenen - möjliggör valet av plasmidhaltiga bakterier i ett selektivt medium.
• Flera kloningsställen - en kort sekvens som består av flera restriktionsgenkänningssäten för införandet av ett främmande DNA-fragment
• Infoga - genen av intresse införd i plasmiden
• Promoterregion - bindningsställe för RNA-polymeras under transkription
• Valbar markör - tillåter valet av framgångsrikt uttryck för den infogade genen
• Primerbindningsställe - tjänar som initieringsställe för PCR-amplifiering av plasmiden för sekvensering

3. De relativa lägena för elementen i plasmiden

• De relativa lägena för plasmidelementen kartläggs genom restriktionskartläggning eller sekvensering.

4. Orienteringen av promotorn 

• Orienteringen av promotorn inom plasmiden är viktig för bestämning av orienteringen av alla andra element i plasmiden, i synnerhet orienteringen av den insatta genen. Transkription initieras vid promotorns 3'-ände. Genen bör därför vara i rätt orientering för att kunna uttryckas.

Slutsats

En plasmidkarta kan läsas genom att förstå funktionerna i plasmidkartan, såsom plasmidens namn och storlek, typ av element i plasmiden och deras relativa lägen och orienteringen av promotorn.

Referens:

1. "Vad är en plasmid?" Addgene, Tillgänglig här.

Image Courtesy:

1. "PDONR221 Map" Av Nothingserious - Analys Sequence: pDONR221. Addgene. Hämtad den 24 januari 2016 (CC0) via Commons Wikimedia
2. "PGEX-3X kloningsvektor" Av Magnus Manske - Skapad av Magnus Manske (CC BY-SA 3.0) via Wikimedia Commons