Skillnad mellan VNTR och STR

Huvudskillnad - VNTR vs STR

Repetitivt DNA är mönstren av nukleinsyror som förekommer i flera kopior genom genomet. De utgör stora proportioner av det nukleära DNA i eukaryoter. Tandemrepetitioner är en av de stora typerna av repetitivt DNA som kopierar repetitiva sekvensenheter som ligger intill varandra och bildar ett nukleotidblock. VNTR (variabla tal-tandemrepetitioner) och STR (korta tandemrepetitioner) är två typer av tandemrepetitioner som finns i det eukaryota genomet. VNTR är en typ av minisatellit-DNA medan STR är en typ av mikrosatellit-DNA. De huvudskillnad mellan VNTR och STR är det den repetitiva enheten för VNTR är 10-60 baspar medan den repetitiva enheten av STR är 2-6 baspar.

Viktiga områden som omfattas

1. Vad är VNTR
     - Definition, Funktioner, Viktighet
2. Vad är STR
     - Definition, egenskaper, betydelse
3. Vad är likheterna mellan VNTR och STR
     - Översikt över gemensamma funktioner
4. Vad är skillnaden mellan VNTR och STR
     - Jämförelse av viktiga skillnader

Nyckelvillkor: Rättsmedicin, Mikrosatellit, Minisatellit, Repeterande Nukleotid Enheter, STR, Tandem Repeats, VNTR

Vad är VNTR

VNTR hänför sig till en typ av tandemupprepningar, i vilka en kort sekvens av nukleotider (10-60 baspar) upprepas ett varierat antal gånger i ett visst läge. Därför är VNTR också känd som minisatelliter. VNTRs intersperseras genom kromosomerna i det eukaryota genomet. I allmänhet varierar antalet upprepade enheter i en VNTR mellan individer. Följaktligen varierar längden på arrayen som bildas av VNTRs också mellan individer. Eftersom variantantalet kromosomer är ärvda från föräldrarna, kan de användas vid föräldra- eller personidentifiering. Variationen av VNTR i sex individer visas i Figur 1.

Figur 1: VNTR-variation i individer

VNTRs är de första typerna av polymorfier som används vid DNA-profilering för att bestämma DNA-egenskaperna för en viss person. De används också som genetiska markörer i RFLP (restriktionsfragmentlängdspolymorfism), en teknik som använder PCR, gelelektrofores och produktion av bandmönster genom Southern Blotting. 

Vad är STR

STR hänför sig till en typ av tandemrepetitioner i vilka en kort sekvens av nukleotider (2-6 baspar) upprepas ett varierat antal gånger i ett visst läge. STRs är en typ av mikrosatelliter, och de är också kända som korta sekvensupprepningar (SSR) i växtgenetik. De upprepande enheterna som är sammansatta av en enda nukleotid är kända som enkel nukleotidpolymorfism (SNP). STR är den vanligaste typen av genetiska polymorfier som analyseras för närvarande i rättsmedicin. DNA-profilering med användning av STR som genetiska markörer visas i figur 2.

Figur 2: DNA-profilering

Mutationer i några av STR-regionerna leder till genetiska sjukdomar, såsom bräckligt X-syndrom och Huntingtons sjukdom.

Likheter mellan VNTR och STR

• VNTR och STR är två typer av tandemupprepningar.
• Både VNTR och STR är strukturella regioner i det eukaryota genomet.
• Både VNTR och STR består av icke-kodande DNA.
• Både VNTR och STR är ärvda från föräldrarna.
• Både VNTR och STR är sammansatta av repetitiva sekvenser, anordnande intill varandra i en grupp.
• Både VNTR och STR producerar genetisk polymorfism.
• Både VNTR och STR spridas genom genomet.
• Både VNTR och STR används som genetiska markörer i rättsmedicin.
• Mutationer i både VNTR och STR leder till genetiska sjukdomar.

Skillnad mellan VNTR och STR

Definition

VNTR: VNTR är en typ av tandemrepetition där en kort sekvens av nukleotider (10-60 baspar) upprepas ett varierat antal gånger i ett visst läge.

STR: STR är en typ av tandemrepetition där en kort sekvens av nukleotider (2-6 baspar) upprepas ett varierat antal gånger i ett visst läge.

Antal upprepande nukleotider 

VNTR: VNTR består av 10-60 baspar.

STR: STR består av 2-6 baspar.

Typ av repetitivt DNA

VNTR: VNTR är en typ av minisatellit-DNA.

STR: STR är en typ av mikrosatellit-DNA.

Antal upprepningar

VNTR: VNTR består av 10-1 500 upprepningar i matrisen.

STR: STR består av 5-200 upprepningar i matrisen.

Storleken på arrayen

VNTR: VNTR bildar en uppsättning av 0,5-15 kb.

STR: STR bildar en uppsättning av 10-1000 bp.

Arrayets komplexitet

VNTR: VNTR producerar heterogena arrays.

STR: STR producerar homogena arrays.

Slutsats

VNTR och STR är två typer av tandemupprepningar som bildar arrays av intilliggande repetitiva enheter i det eukaryota genomet. VNTR består av jämförelsevis långa upprepande enheter av nukleotider (10-60 baspar). STR består av korta upprepande enheter av nukleotider (2-6 bp). Huvudskillnaden mellan VNTR och STR är längden på de upprepande enheterna för varje typ av tandemupprepningar.

Referens:

1. "Variabelt tal tandemrepetition." ScienceDirect-ämnen, Tillgängliga här.
2. "Forensic Genetics Science." CRG - Council for Responsible Genetics, tillgängligt här.

Image Courtesy:

1. "D1S80Demo" Av PaleWhaleGail på engelska Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Stages of Gene Fingerprinting" av Sneptunebear16 - eget arbete (CC BY-SA 4.0) via Wikimedia Commons