Skillnad mellan RNA Seq och Microarray

De huvudskillnad mellan RNA Seq och microarray är att RNA Seq (RNA Sequencing) möjliggör analys av nya RNA- och RNA-varianter medan mikroarray tillåter att analysera transkriptomen med användning av kända RNA-prober. Vidare är RNA Seq en sekvenseringsbaserad teknik medan mikroarray baseras på hybridisering.

RNA Seq och microarray är två tekniker som används för att analysera transkriptom, vilket är det totala mRNA som uttrycks av en organism. De tillåter bestämning av de typer av RNA-molekyler som bildas vid ett definierat cellulärt stadium.

Viktiga områden som omfattas

1. Vad är RNA Seq
     - Definition, Process, Betydelse
2. Vad är Microarray
     - Definition, Process, Betydelse
3. Vad är likheterna mellan RNA Seq och Microarray
     - Översikt över gemensamma funktioner
4. Vad är skillnaden mellan RNA Seq och Microarray
     - Jämförelse av viktiga skillnader

Nyckelbegrepp

Genuttrycksanalys, hybridisering, mikroarray, RNA Seq, sekvensering

Vad är RNA Seq

RNA Seq (RNA-sekvensering) är en teknik som bestämmer sekvensen av RNA-molekyler i ett prov. RNA Seq involverar hög genomströmning hagelgevärssekvensering av cDNA-molekyler. cDNA erhålles från omvänd transkription av RNA-molekylerna. Nästa generationens sekvensering innefattar bestämning av sekvensen av cDNA. RNA Seq möjliggör bestämning av RNA-sekvensen och deras relativa överflöd.

Figur 1: RNA Seq-process

RNA Seq är en mycket pålitlig teknik med ett brett spektrum av känslighet. Därför kan det detektera sällsynta och låga rikliga RNA-sekvenser. Den unika egenskapen hos RNA Seq är dess förmåga att identifiera nya RNA-sekvenser och splitsningsvarianterna.

Vad är Microarray

Microarray är en teknik som används i stor utsträckning för att analysera genuttrycket för en viss organism. Det använder definierade prober som hybridiseras med RNA-molekylerna i provet. De enkelsträngade proberna är fästa på en fast yta som är känd som ett chip till vilket det fluorescerande märkta RNA-provet hybridiseras med. Genomsekvenseringsdata kan användas för att designa prober.

Figur 2: Microarray Process

För ett snabbt och enkelt experiment är mikroarray den bästa tekniken i genuttrycksanalysen. Men sonderna måste utformas så att splicingvarianter kan detekteras.

Likheter mellan RNA Seq och Microarray

• RNA Seq och microarray är två tekniker som används i genuttrycksanalysen.
• De kan detektera de typer av RNA-molekyler som är närvarande i ett prov vid en bestämd tid.
• De beror på RNA-sekvensen.
• Båda teknikerna kan bestämma den primära sekvensen och den relativa överflödigheten av RNA i ett prov.
• Reproducerbarhet av båda teknikerna är hög.

Skillnad mellan RNA Seq och Microarray

Definition

RNA Seq avser en sekvenseringsbaserad teknik som detekterar RNA-sekvenserna i ett prov medan mikroarrayen hänför sig till en hybridiseringsbaserad teknik som användes för att detektera närvaron av specifika RNA-sekvenser i ett prov.

Baserat på

RNA Seq är en sekvenseringsbaserad teknik medan mikroarray är en hybridiseringsbaserad teknik gjord med existerande sonder.

Identifiera nya sekvenser

RNA Seq kan identifiera nya RNA-sekvenser närvarande i ett prov medan mikroarray endast kan identifiera kända sekvenser.

Känslighet

Känsligheten hos RNA Seq är hög medan mikroarrayens känslighet är relativt låg.

Noggrannhet

Noggrannheten i RNA Seq-data är hög, medan noggrannheten hos mikroarray-data är relativt låg.

SNP-detektion

RNA Seq kan identifiera SNP utom de novo SNPs för låga överflödets RNA medan mikroarray inte kan detektera SNPs.

Kosta

RNA Seq är dyrt ($ 300- $ 1000 / prov) på grund av den omfattande bioinformatiska analysen som krävs enligt metoden medan microarray är billigare ($ 100-200 / prov).

Slutsats

RNA Seq är en sekvenseringsbaserad teknik som används för att bestämma RNA-sekvenserna närvarande i transkriptomen medan mikroarray använder specifika sonder för att detektera närvaron av specifika sekvenser i transkriptomen. Microarray kan inte detektera några nya RNA-sekvenser såväl som mindre rikliga RNA-sekvenser. Men i RNA Seq kan alla RNA-sekvenser i provet identifieras. Därför är huvudskillnaden mellan RNA Seq och microarray typ av detektering.

Referens:

1. Kukurba, Kimberly R. och Stephen B. Montgomery. "RNA-sekvensering och analys." Kalla Spring Harbor protokoll 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Webb. 3 juli 2018, tillgängligt här
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. "Microarray och dess tillämpningar." Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. Webb. 3 juli 2018, tillgängligt här

Image Courtesy:

1. "Sammanfattning av RNA-Seq" Av Thomas Shafee - Egent arbete (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia
2. "Sammanfattning av RNA Microarray" Av Thomas Shafee - Egent arbete (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia