Differkinome

Skillnad mellan proteomik och transcriptomics

Vetenskap
Share

De huvudskillnad mellan proteomik och transkriptomik är att proteomik är studien av hela uppsättningen proteiner som produceras av en viss organism medan transcriptomikum är studien av hela uppsättningen mRNA syntetiserad av en viss organism.

Proteomik och transkriptomik är två områden där genuttrycket av en viss organism studeras.

Viktiga områden som omfattas

1. Vad är Proteomics
     - Definition, fakta, tillämpningar
2. Vad är Transcriptomics
     - Definition, fakta, tillämpningar
3. Vad är likheterna mellan proteomik och transkriptomik
     - Översikt över gemensamma funktioner
4. Vad är skillnaden mellan proteomik och transcriptomics
     - Jämförelse av viktiga skillnader

Nyckelbegrepp

Applikationer, mRNA, proteiner, proteomik, tekniker, transcriptomics

Vad är Proteomics

Proteomics är den omfattande studien av proteomer. Proteomen refererar till hela uppsättningen proteiner som produceras av en viss organism eller en cell. Därför har en viss typ av organism eller cell en unik proteom. De huvudsakliga undersökningsområdena för proteomik är följande.

  • 3D-struktur förutsägelse av ett protein;
  • Detektion av platsen och tiden för proteinsyntesen;
  • Hastigheterna för produktion av proteiner, nedbrytning och jämn överensstämmelse;
  • Proteinmodifikationer, såsom post-translationella modifieringar;
  • Proteintransport mellan subcellulära avdelningar;
  • Inblandning av proteiner i metaboliska vägar;
  • Interaktion av proteiner med varandra.

    Figur 1: Exempel på proteinkonstruktioner som är tillgängliga från PDB

Flera högkvalitativa teknologier som masspektroskopi och skillnad i gelelektrofores (DIGE) är inblandade i proteomstudierna.

Vad är Transcriptomics

Transcriptomics är studien av transkriptomen hos en viss organism eller cell. Transcriptom refererar till hela uppsättningen mRNA i organismen eller cellen. Det hänvisar emellertid också ibland till hela uppsättningen av RNA. Transcriptome varierar med de miljöförhållanden som organismen eller cellen har att möta. Därför återspeglar den uppsättningen av RNA uttryckt vid en bestämd tid under en given uppsättning betingelser. Transcriptomics inkluderar undersökningen av både expressionsprofilering och segmentvariantanalys. DNA-mikroarrays och RNA Seq är de två huvudteknikerna som används i transcriptomics.

Figur 2: Microarray och RNA Seq

Likheter mellan Proteomics och Transcriptomics

  • Proteomik och transkriptomik är två typer av fält som studerar genuttryck av en viss organism eller en typ av celler.
  • Hög genomströmningsteknik används i både proteomik och transkriptomik.

Skillnad mellan proteomik och transcriptomics

Definition

Proteomiken refererar till studien av proteomer och deras funktioner medan transkriptomerna refererar till studien av transkriptomer och deras funktioner.

Typ av studie

Proteomics studerar hela uppsättningen proteiner uttryckta medan transcriptomics studerar hela uppsättningen mRNA uttryckt i en viss organism.

Fenomen

Proteomiken studerar 3D-strukturen och funktionen av proteiner och protein-protein-interaktioner medan transcriptomics studerar sekvensstrukturen, interaktioner med miljön och tillämpningar av mRNA.

Tekniker

Proteomics involverar masspektroskopi och skillnadgelelektrofores (DIGE) medan transkriptomik innefattar DNA-mikroarray och RNA Seq som tekniker.

Viktiga områden

Några av de viktiga delarna av proteomik är proteomatabasutvecklingar som SWISS-2DPAGE och mjukvaruutveckling för datorstödd läkemedelsdesign medan transcriptomics involverar i studier av celldifferentiering, karcinogenes, molekylära mekanismer och signalvägar som kontrollerar tidig embryonisk utveckling, som biomarkörer för riskbedömning av droger eller kemikalier och avledande fylogenetiska relationer mellan individer.

Slutsats

Proteomik är studien av hela uppsättningen proteiner av en viss organism medan transcriptomikum är studien av hela uppsättningen av mRNA från organismen. Därför är den största skillnaden mellan proteomik och transkriptomik studietypen.

Referens:

1. "Vad är Proteomics?" Proteomics: En introduktion till EMBL-EBI Resources, 8 juni 2016, tillgänglig här
2. Lowe, Rohan et al. "Transcriptomics Technologies". PLoS Computational Biology 13.5 (2017): e1005457. PMC. Webb. 10 juli 2018, tillgängligt här

Image Courtesy:

1. "Proteinstruktur exempel" Av Axel Griewel - Egent arbete (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Microarray and sequencing flow cell" Av Thomas Shafee - Egent arbete (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia

Vetenskap
×