Skillnad mellan BLAST och FASTA

Huvudskillnad - BLAST vs FASTA

BLAST och FASTA är två likhetssökande program som identifierar homologa DNA-sekvenser och proteiner baserade på överskottssekvenslikheten. Överflödig likhet mellan två DNA- eller aminosyrasekvenser uppstår på grund av den gemensamma anamneshomologin. Den mest effektiva likhetssökningen är jämförelsen av aminosyrasekvensen av proteiner snarare än DNA-sekvenser. Både BLAST och FASTA använder en poängstrategi för att jämföra två sekvenser och ge mycket noggranna statistiska uppskattningar om likheterna mellan sekvenser. De huvudskillnad mellan BLAST och FASTA är det BLAST är främst inblandad i att hitta undefinerade, lokalt optimala sekvensinriktningar medan FASTA är inblandad i att finna likheter mellan mindre liknande sekvenser.    

Viktiga områden som omfattas  

1. Vad är BLAST
     - Definition, Program, Användningar
2. Vad är FASTA
     - Definition, Program, Användningar
3. Vad är likheterna mellan BLAST och FASTA
     - Vanliga funktioner
4. Vad är skillnaden mellan BLAST och FASTA
     - Jämförelse av viktiga skillnader

Viktiga termer: BLAST, FASTA, DNA, Nukleotid, Protein, Aminosyra, Homologi, Likhet, Förväntningsvärde

Vad är BLAST

BLAST står för Grundläggande lokalinriktningsverktyg. Detta söker efter likhet mellan en frågesekvens och de sekvenser som deponeras på NCBI-webbplatsen (National Center for Biotechnology Information). De förmodade generna i frågesekvensen kan detekteras baserat på sekvenshomologin hos de avsatta sekvenserna. BLAST är populärt som ett bioinformatikverktyg på grund av dess förmåga att snabbt identifiera regioner med lokal likhet mellan två sekvenser. BLAST beräknar ett förväntningsvärde, vilket uppskattar antalet matchningar mellan två sekvenser. Den använder den lokala inriktningen av sekvenser. NCBI BLAST webbgränssnitt finns här.

Figur 1: NCBI BLAST webbgränssnitt

Olika BLAST-sökningar

BLAST-programmet	Fråga och databas
BLASTN (nukleotid BLAST)	Query - Nucleotide, Database - Nucleotide
BLASTP (protein BLAST)	Query - Protein, Database - Protein
BLASTX	Query - Translated nucleotide, Database - Protein
TBLASTN	Query - Protein, Database - Translated nucleotide
TBLASTX	Query - Translated nucleotide, Database - Translated nucleotide

Vad är FASTA

FASTA är ett annat sekvensjusteringsverktyg som används för att söka likheter mellan sekvenser av DNA och proteiner. Frågsekvensen är uppdelad i sekvensmönster eller ord som kallas k-tuples, och målsekvenserna söks efter dessa k-tuples för att hitta likheterna mellan de två. FASTA är ett bra verktyg för likhetssökningar. När du hittar sekvenslikheter, är det bästa sättet att genomföra din sökning att först utföra en BLAST-sökning och sedan gå till FASTA. FASTA-filformatet används ofta som inmatningsmetod i andra sekvensjusteringsverktyg som BLAST. Webbgränssnittet för FASTA, som finns tillgängligt på European Bioinformatics Institute (EBI), finns här. 

Figur 2: FASTA webbgränssnitt

FASTA-program

FASTA-programmet	Beskrivning
FASTA	Protein - proteinsekvens jämförelse eller nukleotid - nukleotidsekvens jämförelse
FASTX, FAST	Nukleotid-proteinsekvens jämförelse.
SSEARCH	Lokal inriktning mellan protein-protein eller nukleotid-nukleotidsekvens
GGSEARCH	Global inriktning mellan protein - eller nukleotid - nukleotidsekvensen
GLSEARCH	Global anpassning av frågan och lokal anpassning av sekvenserna i databasen.

Likheter mellan BLAST och FASTA

• BLAST och FASTA är två sekvens-jämförelseprogram som tillhandahåller anläggningar för att jämföra DNA- och proteinsekvenser med de befintliga DNA- och proteindatabaserna.

• Både BLAST och FASTA är snabba och mycket exakta bioinformatikverktyg.

• Båda använder parvisa sekvensinriktningar.

Skillnad mellan BLAST och FASTA

Definition

KUL: BLAST är en algoritm för att jämföra primär biologisk sekvensinformation såsom nukleotid- eller aminosyrasekvenser.

FASTA: FASTA är ett mjukvarupaket för DNA- och proteinsekvensinriktning.

Står för

KUL: BLAST står för Basic Local Alignment Search Tool.

FASTA: FASTA saknar "snabb-allt" eller "FastA".

Global / Local Alignment

KUL: BLAST använder lokal sekvensinriktning.

FASTA: FASTA använder lokal sekvensinriktning först och sedan utvidgar den likhetssökningen till global anpassning.

Local Sequence Alignment

KUL: BLAST söker likheter i lokal anpassning genom att jämföra individuella rester i de två sekvenserna.

FASTA: FASTA söker likheter i lokala anpassningar genom att jämföra sekvensmönster eller ord.

Typ av sökning

KUL: BLAST är bättre för likhetssökning i nära matchade eller lokalt optimala sekvenser.

FASTA: FASTA är bättre för likhetssökning i mindre liknande sekvenser. 

Typ av arbete

KUL: BLAST fungerar bäst för proteinsökningar.

FASTA: FASTA fungerar bäst för nukleotidsökningar.

Luckor i frågesekvens

KUL: I BLAST är inte mellanrum mellan fråga och målsekvenser tillåtna.

FASTA: I FASTA är luckor tillåtna.

Känslighet

KUL: BLAST är ett känsligt bioinformatikverktyg.

FASTA: FASTA är känsligare än BLAST.

Fart

KUL: BLAST är snabbare än FASTA.

FASTA: FASTA är mindre snabb vägtull jämfört med BLAST.

utvecklare

KUL: BLAST designades av Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers och David J. Lipman vid National Institute of Health 1990.

FASTA: FASTA utvecklades av David J. Lipman och William R. Pearson 1985.

Betydelse

KUL: För närvarande är BLAST det mest använda bioinformatikverktyget för likhetssökningar.

FASTA: FASTAs arv är FASTA-formatet, som nu är allestädes närvarande i bioinformatik.

Slutsats

BLAST och FASTA är två parvisa sekvensjusteringsverktyg som används i bioinformatik för att söka likheter mellan DNA- eller proteinsekvenser. BLAST är det mest använda verktyget för lokal anpassning av nukleotid- och aminosyrasekvenser. FASTA är ett fint likhetssökningsverktyg som använder sekvensmönster eller ord. Det passar bäst för likhetssökningarna mellan mindre liknande sekvenser. Huvudskillnaden mellan BLAST och FASTA ligger i likhetssökningsstrategierna som används i varje verktyg.

Referens:

1. Madden, Thomas. "BLAST-sekvensanalysverktyget." NCBI-handboken [Internet]. 2: a upplagan.U.S. National Library of Medicine, 15 Mar. 2013. Web.Available här. 09 juni 2017. 
2. "Parvis sekvensjustering med FASTA." Amrita Vishwa Vidyapeetham University. N.p., n.d. Webb. Tillgänglig här. 09 juni 2017. 

Image Courtesy:

1.BLAST Officiell webbplats
2.FASTA Officiell webbplats