Skillnad mellan RAPD och RFLP

Huvudskillnad - RAPD vs RFLP
 

Genetiska markörer används i molekylärbiologi för att identifiera genetiska variationer mellan individer och arter. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) och Restriktion Fragment Längd Polymorfism (RFLP) är två viktiga molekylmarkörer som rutinmässigt används i laboratorier. RAPD utförs med korta och godtyckliga oligonukleotidprimrar, och den är baserad på den slumpmässiga amplifieringen av de multipla lägena genom organismens mall DNA. RFLP utförs med ett specifikt restriktionsendonukleas, och det är baserat på polymorfismen hos resulterade restriktionsfragment och hybridisering. Nyckelfaktorn mellan RAPL och RFLP är det RAPD är en typ av PCR-teknik som utförs utan tidigare sekvenskunskap medan RFLP är inte inblandad i PCR och kräver tidigare sekvenskunskap för att utföra tekniken.

INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är RAPD
3. Vad är RFLP
4. Jämförelse vid sida vid sida - RAPD vs RFLP
5. Sammanfattning

Vad är RAPD?

RAPD är en användbar molekylär markör i molekylärbiologi. Det är en snabb och enkel teknik. RAPD kan definieras som en metod som resulterar i polymorfa DNA-sekvenser som ett resultat av slumpmässig amplifiering av flera ställen i mål-DNA-mallen. RAPD använder korta oligonukleotidprimrar med godtyckliga sekvenser för PCR-amplifieringen. Primers syntetiseras artificiellt utan tidigare sekvenskunskap. Därför betraktas det som en enkel och användbar teknik.

Följande stora steg är involverade i RAPD.

1. Extraktion av mål-DNA
2. Amplifiering av de flera ställena för mål-DNA med användning av slumpmässigt utvalda primrar
3. Gelelektrofores av de amplifierade PCR-produkterna
4. Färgning med etidiumbromid och identifiering av polymorfismen

Som ett resultat av variationen i primerglödgningen genereras olika fragment med olika längder under amplifieringen. Därför är bandningsmönster på gelerna olika bland individer och arter. Således möjliggör RAPD detektion av genetisk variation mellan organismer vid identifiering och differentiering.

RAPD appliceras i olika studier av molekylärbiologi, såsom identifiering av den genetiska skillnaden mellan närbesläktade arter, genmapping, DNA fingeravtryck, identifiering av ärftliga sjukdomar, etc.

Figur 01: RAPD

Vad är RFLP?

Restriktionsfragmentlängdspolymorfier (RFLP) är en molekylär markör som används i molekylärbiologi för identifiering av genetisk variation i homologa DNA-sekvenser. Det är den första genetiska markören utvecklad för DNA-fingeravtryck. Alla organismer producerar unika DNA-profiler när de begränsas med specifika restriktionsenzymer. RFLP fungerar som ett viktigt verktyg för att producera unika DNA-profiler av individer och detektion av genetisk variation bland dem. När DNA-prover digereras med specifika restriktionsendonukleaser, ger det olika DNA-profiler som är unika för varje individ. Därför är huvudmannen för denna metod detektion av genetisk variation bland organismer genom att begränsa homologt DNA med specifika restriktionsenzymer och analys av fragmentlängdspolymorfismen via gelelektrofores och blottning. Blottningsmönster är unika för varje organism och karakteriserar de specifika genotyperna.

Följande steg är involverade i RFLP.

1. Isolering av tillräcklig mängd DNA från prover
2. Fragmentering av DNA-proverna med specifika restriktionsendonukleaser i kort sekvens
3. Separering av de resulterande fragmenten med olika längder genom agarosgelelektrofores.
4. Överföring av gelprofilen till ett membran genom Southern blotting
5. Hybridisering av membranet med märkta prober och analys av fragmentlängdspolymorfismen i varje profil

RFLP har olika tillämpningar såsom diagnos av arvsjukdomar, genomkartläggning, kriminalidentifiering i rättsmedicinska studier, faderskapstestning, etc..

Figur 02: RFLP genotyping

Vad är skillnaden mellan RAPD och RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD är en molekylär markör baserad på slumpmässiga primers och PCR.	RFLP är en molekylär markör baserad på produktion av olika längd-restriktionsfragment.
Obligatoriskt prov
Små DNA-prover räcker för RAPD-analysen.	En stor mängd extraherat DNA-prov krävs för RFLP-analys.
Tid
RAPD är en snabb process.	RFLP är en tidskrävande process.
Primer Användning
Slumpmässiga primers används och samma primers kan användas för olika arter.	Artspecifika sonder används i RFLP för hybridisering.
Pålitlighet
Teknikens tillförlitlighet är mindre jämfört med RFLP.	RFLP är en pålitlig teknik.
läsk
RAPD innebär sydlig blotting.	Southern blotting är ett steg i RFLP.
Detektion av allelvariationen
Alleliska variationer kan inte detekteras av RAPD.	Alleliska variationer kan detekteras av RFLP.
Behov av sekvenskunskap
RAPD kräver inte tidigare sekvenskunskap.	Förutgående sekvenskunskap krävs för sonddesign.
PCR
PCR är inblandad i RAPD	PCR är inte inblandad i RFLP.
reproducerbarhet
RAPD har en låg reproducerbarhet	RFLP har en hög reproducerbarhet jämfört med RAPD.

Sammanfattning - RAPD vs RFLP

RAPD och RFLP är viktiga markörer som används i molekylärbiologi. Båda metoderna kan upptäcka genetisk variation bland organismer. RAPD utförs med hjälp av slumpmässiga primers. RFLP utförs med användning av specifika restriktionsenzymer. Båda metoderna producerar DNA-profiler som är unika för enskilda organismer. RAPD är involverat jämförbart få steg än RFLP. Men det ger mindre tillförlitliga och reproducerbara resultat än RFLP. Detta är den viktigaste skillnaden mellan RAPD och RFLP.

referenser:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang, och M. K. Slocum. "Jämförelse av RAPD och RFLP genetiska markörer vid bestämning av genetisk likhet bland Brassica oleracea L. genotyper." TAG. Teoretisk och tillämpad genetik. Teoretisk och angewandte Genetik. U.S. National Library of Medicine, mars 1994. Web. 12 april 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey och Antoni Rafalski. "Jämförelsen av RFLP, RAPD, AFLP

Image Courtesy:
1. "RFLP genotyping" Av (okänd) - National Institute of Health (Public Domain) via Commons Wikimedia