Skillnad mellan framåt och bakåt primer

Huvudskillnad - Framåt vs Reverse Primer
 

Polymeraskedjereaktion (PCR) är en DNA-amplifieringsmetod som används i molekylära biologiska tillämpningar. Det är en vanlig teknik som gör miljoner till miljarder kopior av en särskilt intresserad DNA-sekvens. Det är en in vitro metod som utförs i laboratorier. PCR-tekniken är helt beroende av det kommersiellt producerade DNA-polymeraset som kallas Taq-polymeras. Och det kräver också flera andra komponenter och korrekt temperaturunderhåll. En viktig komponent är primers. Primers är de korta DNA-sekvenserna som är specifikt konstruerade för mål-DNA-sekvensen. De är vanligtvis cirka 20 nukleotider långa. Taq-polymeras katalyserar tillsatsen av nukleotider till tidigare existerande nukleotidsekvens. Därför betjänas primers som utgångspunkter för syntesen av nya strängar. Taq-polymeras fungerar endast i 5'-3'-riktning, sålunda sker DNA-syntesen i samma 5'-3'-riktning. Eftersom DNA är dubbelsträngat behövs två typer av primers i PCR. De är kända som framåtriktare och bakre primer. Framåtriktat och bakåtriktat primers benämnes baserat på riktningen av förlängningen av primern i DNA när DNA-syntes uppträder. Framåtriktaren primerar med antisens-DNA-strängen och initierar syntesen av + ve-strängen av genen i 5'-3'-riktning. Omvänd primer annealerar med sense-strängen och initierar syntesen av den komplementära strängen i kodningssträngen; vilken är -ve gensträngen i 5'-3'-riktning. Det här är nyckelskillnad mellan fram- och bakre primers.

INNEHÅLL

1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är en framåtriktad primer
3. Vad är en omvänd primer
4. Likheter mellan framåtriktad och omvänd primer
5. Jämförelse vid sida vid sida - Framåt mot omvänd primer i tabellform
6. Sammanfattning

Vad är en framåtriktad primer?

Framåtriktad orientering är syntesen av den kodande strängen eller sensens sträng av en gen. Taq-polymeras katalyserar syntesen av en ny sträng i 5 'till 3' riktning. Syntesen av kodningssträngen uppträder när primeren annealerar med den icke-kodande eller antisenssträngen och sträcker sig i 5 'till 3' riktning.

Figur 01: Fram och bakåt

Den primer som annealerar med antisenssträngen eller den icke-kodande strängen eller mallsträngen är känd som framåtprimer eftersom framsprimer fungerar som utgångspunkt för syntesen av kodning eller genens positiva sträng. Framåtriktaren har en kort nukleotidsekvens som är komplementär till antisenssträngens 3 'flankerande ände. Den hybridiserar med antisenssträngen och underlättar Taq-polymeraset för att tillsätta nukleotider som är komplementära till mallsträngen.

Vad är en omvänd primer?

Omvänd primer är den korta DNA-sekvensen som annealerar med 3'-änden av senssträngen eller kodningssträngen. Omvänd primer tjänar som utgångspunkt för att syntetisera en komplementär sträng av den kodande sekvensen eller den icke-kodande sekvensen. Omvänd primer är utformad komplementär till 3'-änden av kodningssträngen. Därför anniderar den med den flankerande 3'-änden av kodningssträngen och tillåter Taq-polymeras att syntetisera antisenssträngen eller mallsträngen. Eftersom dess orientering är på ett omvänd sätt, märks denna primer som omvänd primer.

Både omvänd och framåtriktad primers är viktiga för produktion av miljoner till miljarder kopior av specifika DNA-regioner som är riktade eller intresserade.

Vad är likheterna mellan framåtriktad och omvänd primer?

• Både framåt och bakåt-primers är gjorda från oligonukleotider.
• Både framåtriktad och omvänd primer har kort nukleotidsekvens komplementär till de flankerande ändarna av DNA-dubbelsträngarna.
• Både framåt och bakåt primers består vanligtvis av 20 nukleotider.
• Både framåtriktad och omvänd primer används i polymeraskedjereaktioner.
• Både framåtriktad och bakåtriktad primer syntetiseras kommersiellt.
• Både framåt och bakåt-primers är temperaturstabila och de har normalt liknande Tm.
• Både framåtriktad och omvänd primer är annealed med mål-DNA-sekvenserna.
• Både framåtriktad och omvänd primer är konstruerade enligt PCR-reaktionerna.
• Både framåtriktad och bakåtriktad primer betjänas som utgångspunkter för DNA-amplifieringen.
• Både omvänd och framåtriktad primers är viktiga för produktion av miljoner exemplar av specifika regioner av riktade eller intresserade DNA-sekvenser.

Vad är skillnaden mellan framåt och bakåt?

Framåt Primer vs Reverse Primer
Framåtriktaren är den korta DNA-sekvensen som hybridiserar med 3'-änden av den icke-kodande eller mallsträngen av genen och tjänar som utgångspunkt för att syntetisera den kodande sekvensen.	Omvänd primer är den korta DNA-sekvensen som hybridiserar med 3'-änden av kodnings-eller nontemplatsträngen och tjänar som utgångspunkt för att syntetisera den icke-kodande sekvensen.
Annealing Strand
Framåtriktad primer annealerar med mallsträng.	Omvänd primer annealerar med nontemplate-strängen.
Resulterande ny sekvens
Framåtriktaren underlättar syntesen av den kodande sekvensen.	Omvänd primer underlättar syntesen av den icke-kodande sekvensen.

Sammanfattning - Vidarebefordra vs Reverse Primer

Det finns två typer av primers involverade i PCR-teknik. De är fram- och bakåtprimrar. Baserat på förlängningen av primern i ny DNA-strängsyntes, är dessa primers märkta eller namngivna. Taq-polymeras syntetiserar det nya DNA i 5 'till 3' orientering. Därför är primrar utformade som komplementära till 3'-ändarna av de dubbla trådarna. Framåtriktaren som sträcker sig i 5 'till 3' riktning hybridiserar med 3'-änden av antisensen eller mallen eller den icke-kodande sekvensen. Det tjänar som utgångspunkt för att syntetisera kodningssekvensen. Omvänd primer som sträcker sig i 5'- till 3'-riktningen hybridiserar med 3'-änden av kodningen eller nontemplatet eller senssträngen. Det tjänar som utgångspunkt för att syntetisera den icke-kodande sekvensen. Detta är skillnaden mellan framåt och bakre primer.

Referens:

1. "Primer (Molekylärbiologi)." Wikipedia, Wikimedia Foundation, 20 februari 2018. Tillgänglig här 
2. "Polymeraskedjereaktion (PCR)." Khan Academy. Tillgänglig här 

Image Courtesy:

1.Primers RevComp Melted2'By Richard Wheeler (Zephyris) - eget arbete, (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia