Skillnad mellan Exome och RNA Sequencing

Huvudskillnad - Exome vs RNA Sequencing
 

Nukleinsyrasekvensering är den teknik som bestämmer nukleotidernas ordning i ett visst fragment av DNA eller RNA hos en organism. Sekvensering är viktig för att identifiera cellens DNA- och RNA-smink och särskilja vissa gener som kodar för funktionella proteiner. följaktligen kan sekvensering användas för att förstå mutationerna av dessa gener och genuttryck. Sanger-sekvenseringsmetod eller de mer avancerade sekvenseringsmetoderna för nästa generation är de sekvenseringsmetoder som vanligtvis används. Exome-sekvensering är sekvenseringen av den fullständiga uppsättningen exoner eller kodande DNA-regioner närvarande i en organism medan RNA-sekvensering är sekvenseringsproceduren för ribonukleinsyror (RNA). Detta är nyckelfaktorn mellan exome och RNA-sekvensering.

INNEHÅLL

1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är Exome Sequencing
3. Vad är RNA-sekvensering
4. Likheter mellan Exome och RNA Sequencing
5. Jämförelse vid sida vid sida - Exome vs RNA-sekvensering i tabellform
6. Sammanfattning

Vad är Exome Sequencing?

Exome är en delmängd av genomet som består av en generations kodande gener. Kodningsgener betecknas som exoner och transkriberas till mRNA och överföres sedan till aminosyrasekvenser. Under posttranskriptionella modifieringar eliminerar RNA-splitsningsmekanismen i eukaryoter introner (icke kodande regioner) och exonerna förblir. Det finns två huvudsakliga tekniker där exome-sekvensering är klar: lösningsbaserad och arraybaserad.

I lösningsbaserad exomsekvensering fragmenteras DNA-prover med användning av antingen restriktionsenzymer eller mekanisk metod och denatureras genom värme. I denna teknik används biotinylerade oligonukleotidprober (beten) för att selektivt hybridisera med målregioner i genomet. Magnetiska streptavidinpärlor används för bindningssteget. Bindning följs av ett tvättsteg där de obundna och icke-riktade sekvenserna tvättas bort. De bundna målen amplifieras därefter med användning av polymeras-kedjereaktion (PCR) och sekvenseras därefter med användning av Sanger-sekvenserings- eller nästa generationssekvenseringstekniker.

Figur 01: Exome Sequencing

Arraybaserad metod liknar också den lösningsbaserade metoden, förutom att DNA-fragment är fångade i en mikrotarm och därefter följer bindningen och tvättstegen innan de sekvenseras.

Exome-sekvensering används i många tillämpningar, såsom genetisk diagnos av sjukdomar, i genterapi, vid identifiering av nya genetiska markörer, inom jordbruket för att identifiera olika fördelaktiga agronomiska egenskaper och vid växtförädlingsprocedurer.

Vad är RNA-sekvensering?

RNA-sekvensering är baserad på transkriptomen, som är fullständiga transkript av cellen. De viktigaste målen med RNA-sekvensering är att katalogisera alla arter av transkriptet, inklusive mRNA, icke-kodande RNA och litet RNA, för att bestämma genens transkriptionella struktur och att kvantifiera uttrycksnivåerna för varje transkript under utveckling. Under RNA-sekvensering användes hybridiseringsteknologier (som var komplementärt DNA härrörande från mogna mRNA-sekvenser) initialt för sekvensering. För närvarande används en mer exakt och avancerad genom-putsteknik för RNA-sekvensering.

Figur 02: RNA-sekvensering

Vid RNA-sekvensering omvandlas ett prov av RNA som kan vara totalt RNA eller fraktionerat RNA till dess komplementära DNA (cDNA) med användning av omvänt transkription och ett cDNA-bibliotek framställs. Varje cDNA-fragment är fäst vid adaptrar på båda sidor (paränds-sekvensering) eller på ena sidan (enkeländs-sekvensering). Dessa taggade sekvenser sekvenseras med användning av Sanger-sekvensering eller nästa generation, som exome-sekvensering.

Vad är likheterna mellan Exome och RNA Sequencing?

• Korta valda fragment eller hela uppsättningen av DNA / RNA kan användas för Exome eller RNA-sekvensering.
• Sekvenserade fragment bevaras i bibliotek.
• Sanger-sekvensering eller nästa generations-sekvensering kan användas.
• Båda är in vitro-sekvenseringsmetoder.
• Sekvenserade fragment kan bestämmas av fluorescerande taggar.

Vad är skillnaden mellan Exome och RNA sekvensering?

Exome vs RNA Sequencing
Exome-sekvensering är sekvenseringen av den fullständiga uppsättningen exoner eller kodande DNA-regioner närvarande i en organism.	RNA-sekvensering hänför sig till sekvenseringsförfarandet för ribonukleinsyror (RNA); transkriptomen.
Startprov
Genomiskt DNA är utgångsprovet av exom-sekvensering.	RNA är utgångsprovet av RNA-sekvensering.
Komposition
Detta innehåller endast kodande regioner av det totala DNA som är känt som exoner	Detta innehåller RNA-mRNA / transkriptom.
Sequencing
Det finns två huvudsakliga metoder för exome-sekvensering; lösningsbaserad och arraybaserad teknik.	RNA-sekvensering sker via framställningen av ett cDNA-bibliotek genom att extrahera det totala RNA eller fragmenterat RNA.

Sammanfattning - Exome vs RNA Sequencing

Exome är den fullständiga uppsättningen kodande regioner av en organism och de tekniker som är involverade i bestämningen av exakt nukleotidordning av Exome är känd som exom-sekvensering. RNA-sekvensering är tekniken involverad i bestämningen av nukleotidordningen av RNA hos en organism. Detta är skillnaden mellan exome och RNA-sekvensering.

Hämta PDF-version av Exome vs RNA Sequencing

Du kan hämta PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citationsnotat. Var god ladda ner PDF-version här Skillnaden mellan Exome och RNA Sequencing

referenser:

1.Wang, Zhong, et al. "RNA-Seq: ett revolutionerande verktyg för transkriptomik." Naturrecensioner. Genetics, U.S. National Library of Medicine, Jan. 2009, Tillgänglig här. Åtkomst 3 september 2017.
2. Warr, Amanda, et al. "Exome Sequencing: Nuvarande och framtida perspektiv." G3: Genes | Genomes | Genetics, Genetics Society of America, Aug. 2015, Tillgänglig här. Åtkomst 3 september 2017.

Image Courtesy:

1. "Exome Sequencing Workflow 1a"Av Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith -  (CC BY 2,5) via Commons Wikimedia
2. "Journal.pcbi.1004393.g002" Av SarahKusala - Egent arbete (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia