Skillnad mellan benzonas och DNas

Huvudskillnad - Benzonas vs DNas
 

Nedbrytning av nukleinsyror är viktigt för många molekylärbiologitekniker. Det används ofta i rekombinant DNA-teknik för att bli av med oönskade fragment av DNA och RNA. Nukleinsyranedbrytande enzymer benämns Nukleaser, och de kan vara av olika slag baserat på den erforderliga funktionen. Nukleaser som bryts ned DNA är kända som DNaser medan de som nedbryter RNA är kända RNaser. Dessa enzymer används mestadels i in vitro experiment där i vitro molekylära tester utförs för att isolera rent DNA, RNA eller proteiner. Benzonaser är en typ av nukleaser som bryter ner både DNA och RNA medan DNaser bryter ned endast DNA. Detta är nyckelfaktorn mellan benzonas och DNas.

INNEHÅLL

1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är benzonas
3. Vad är DNase
4. Likheter mellan benzonas och DNas
5. Jämförelse vid sida vid sida - Benzonase vs DNase i tabellform
6. Sammanfattning

Vad är benzonas?

Benzonas är en genetiskt konstruerad endonukleas från Serratia marcescens. Detta enzym produceras i E coli värdar i industriell skala. Benzonas klarar av klyvning av dubbelsträngat DNA, linjärt DNA, cirkulärt DNA och enkelsträngat RNA. Benzonas är således kommersiellt viktigt. Benzonasenzym är en proteindimer som har 245 identiska aminosyror, ~ 30 kDa-subenheter med två väsentliga disulfidbindningar. Benzonas klyver nukleinsyror vid dess 5'-ände och resulterar i fragment med fria 5'enden. Benzonas kan klyva nukleinsyror i vilken som helst sekvens men föredrar GC-rika regioner.

Benzonas lagras vid -20 ⁰C. Det optimala pH-värdet för enzymaktivitet befanns vara 8,0-9,2. Applikationerna av Benzonas innefattar provberedning för protein 2D-gelelektrofores, där Benzonas avlägsnar bundna nukleinsyror och avlägsnande av nukleinsyraföroreningar från rekombinanta proteinpreparat. Det används också för att minska viskositeten hos proteinextrakten och förhindra klumpning av celler i en cellblandning.

Vad är DNase?

DNas är ett nukleas, hydrolytiskt enzym som endast kan klyva dubbelsträngat DNA. Det finns två huvudtyper av DNaser: DNase I och DNase II. DNas Jag deltar i klyvning av dubbelsträngat DNA för framställning av polynukleotider med 5'-fria ändar. DNas II är involverad i klyvning av dubbelsträngat DNA för framställning av polynukleotidsträngar med 3'-fria ändar eller överhäng.

DNase I

DNase I fungerar vid ett optimalt pH mellan 7,0 - 8,0. Enzymaktiviteten beror på många joniska kofaktorer som innefattar Ca²⁺, mg²⁺ eller Mn²⁺. Aktiviteten hos Mg²⁺ och Mn²⁺ bestämmer funktionen av DNas I. I närvaro av Mg²⁺, DNase I spaltar varje sträng av dsDNA oberoende. Detta sker på ett slumpmässigt sätt. I motsats härtill, i närvaro av Mn^2+, enzymet klyver båda DNA-strängarna på ungefär samma plats. Denna klyvning kommer att leda till att två typer av DNA-fragment produceras; en typ med trubbiga ändar och en annan typ med ett eller två nukleotidöverhäng.

Figur 02: DNase

DNase II

DNas II fungerar vid ett optimalt pH av 4,5-5,0 och divalenta metalljoner krävs för sin aktivitet, liknande DNas I. Mekanismen för DNas II är känd att bestå av tre huvudsteg.

1. Multipla enkelsträngsbrott induceras i DNA-ryggraden.
2. Syra lösliga nukleotider och oligonukleotider produceras.
3. Icke-linjärt hyperkromiskt skift förekommer i den sista fasen.

De huvudsakliga inhibitorerna av DNase-enzym innefattar metallkelatorer, övergångsmetaller och kemikalier såsom natriumdodecylsulfat och p-merkaptoetanol.

De huvudsakliga användningarna av DNas innefattar framställning av DNA-fria RNA-extrakt och proteinextrakt och avlägsnande av mall-DNA under in vitro transkriptionsexperiment.

Vad är likheterna mellan benzonas och DNas?

• Båda är hydrolytiska enzymer.
• Båda är nukleaser.
• Båda deltar genom att klyva fosfodiesterbindningarna av nukleinsyror.
• Båda kräver ett optimalt pH- och lagringstemperatur för att bibehålla enzymets aktivitet.
• Inhibitorer av enzymer inkluderar kelatbildande medel, övergångsmetaller och detergentkemikalier.
• Applikationer är huvudsakligen inriktade på att erhålla extrakt av hög renhet av DNA, RNA och proteiner.
• Båda enzymerna kan produceras via genteknik.

Vad är skillnaden mellan benzonas och DNas?

Benzonas vs DNas
Benzonas är ett enzym som klarar av klyvning av dubbelsträngat DNA, linjärt DNA, cirkulärt DNA och RNA.	DNase är ett enzym som klarar av klyvning av dubbelsträngat DNA.
Substrat för enzymet
Både DNA och RNA är substrat för benszonas.	DNA är substratet för DNas.
Strukturera
Optimalt pH-värde för Benzonas är 7,0-8,0	Optimala pH-intervall av DNas I är 7,0 - 8,0 och DNas II är 4,5 - 5,0.

Sammanfattning - Benzonas vs DNas

Nukleasenzymer används ofta i olika experimentella förfaranden med avseende på molekylärbiologi och genteknik. Benzonas och DNas är två typer av nukleaser. Benzonas är involverad i nedbrytning av både DNA och RNA medan DNas är inblandad i klyvning av dubbelsträngat DNA. Detta är den grundläggande skillnaden mellan benszonas och DNas. För närvarande produceras båda dessa nukleas typer genom rekombinant DNA-teknik som ger högre enzymer av högre kvalitet som optimeras för maximal produktion.

Ladda ner PDF Version av Benzonase vs DNase

Du kan hämta PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citationsnotat. Var god ladda ner PDF-version här Skillnaden mellan Benzonase och DNase

referenser:

1. "Deoxiribonukleas I från bovin pankreas D5025". Sigma-Aldrich, Tillgänglig här. Åtkomst 19 september 2017.
2. "Deoxiribonukleas II". Deoxiribonukleas II - Worthington Enzyme Manual, Tillgänglig här. Åtkomst 19 september 2017.

Image Courtesy:

1. "DNA-överkänslig sida" av Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et al. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N, et al. (2012) Korrelation mellan DNase I Överkänslighetsfördelning av webbplatser och genuttryck i HeLa S3-celler. PLoS ONE 7 (8): e42414. doi: 10,1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) via Commons Wikimedia