Skillnad mellan SYBR Green och Taqman

Huvudskillnad - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green och Taqman är två metoder som används för att upptäcka eller titta på förstärkningsprocessen av realtids-PCR. SYBR Green är en metod baserad på interkalrerande nukleinsyrafärgningsfärg medan Taqman är en metod baserad på hydrolys-sond. Båda teknologierna är konstruerade för att generera fluorescens under PCR, vilket möjliggör realtids PCR-maskin att övervaka reaktionen i "realtid". SYBR Green-metoden utförs med användning av ett fluorescerande färgämne som kallas SYBR-grönt och detekterar amplifieringen genom att binda färgämnet till producerat dubbelsträngat DNA. Taqman utförs med användning av dubbelmärkta prober och detekterar amplifieringen genom nedbrytning av proben genom Taq-polymeras och frisättningar av fluoroforen. Detta är nyckelfaktorn mellan SYBR Green och Taqman.

INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är SYBR Green
3. Vad är Taqman
4. Sida vid sidajämförelse - SYBR Green vs Taqman
5. Sammanfattning

Vad är SYBR Green?

SYBR Green är ett fluorescerande färgämne som används för att fläcka nukleinsyror, särskilt dubbelsträngat DNA i molekylärbiologi. SYBR Green-metoden används för att kvantifiera PCR-produkter under realtids-PCR. När det binder med DNA, absorberar det resulterande DNA-färgämnet komplexa blå ljus och avger intensivt grönt ljus. Det händer på grund av den strukturella förändringen som uppstår i färgämnesmolekylen vid bindning med dubbelsträngat DNA. När PCR skapar mer och mer DNA, binder mer färgmolekyler med DNA, vilket genererar mer fluorescens. Därför ökar fluorescensen med PCR-produktackumuleringen. Mängden PCR-produkt kan följaktligen mätas kvantitativt genom SYBR Green fluorescensdetektering.

SYBR-grönt färgämne kan också användas för DNA-märkning i cytometri och fluorescerande mikroskopi. Etidiumbromid har framgångsrikt ersatts med SYBR Green eftersom etidiumbromid är ett cancerframkallande färgämne med bortskaffandeproblem under DNA-visualisering i gelelektroforesen.

Det finns fördelar och nackdelar med SYBR-grön metod. Denna metod är mycket känslig, billig och enkel att använda. På grund av dess förmåga att binda till vilket dubbelsträngat DNA som helst kan icke-specifik bindning leda till överkvantifiering av PCR-produkt.

Figur 01: SYBR Green Technique

Vad är Taqman?

Taqman är en alternativ metod för SYBR Green för att övervaka realtid PCR-processen. Denna metod beror på 5'-3'-exonukleasaktiviteten hos Taq-polymerasenzym för att bryta ned proberna under förlängningen av den nya strängen och frisättning av fluorofor. Dual-märkta prober används i denna metod och den är baserad på hydrolys av prober. Prober är fluorescensmärkta DNA-oligonukleotider med en fluorescerande reportermolekyl (fluorofor) vid 5'-änden och en quenchermolekyl vid 3'-änden. De är utformade för att binda till den enkelsträngade mallen på motsatta sidan av primerglansarna. Taq-polymeras adderar nukleotider till primern och sträcker den nya strängen mot de dubbelmärkta sonderna. När Taq-polymeraset uppfyller sonden aktiveras och nedbryts exonukleasverkan av Taq-polymeraset sonden. När den slutar syntesen av den nya strängen utsätts sonden för fullständig nedbrytning och frisättning av fluoroforen. Utsläppen av fluorofor genererar fluorescens. Fluorescerande Quencher-molekylen släcker effektivt det emitterade ljuset och skapar utgången för kvantifiering av PCR-produkten. Utsläppen av fluoroforer och kvantiteten av PCR-produkterna är proportionella. Därför kan kvantifiering enkelt göras med Taqman-metoden.

Figur 02: Taqman Metod

Taqman-metoden används i realtids-PCR, kvantifiering av genuttryck, detektering av genetiska polymorfier, kvantifiering av kromosomala DNA-deletioner, bakterieidentifiering, verifiering av mikroarrayanalys, SNP-genotypning etc.

Vad är skillnaden mellan SYBR green och Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green är baserat på DNA-bindande färgämne.	Taqman beror på hybridiseringsprober och 5 'till 3'-exonukleasaktivitet av Taq-polymeras.
Fluorescensmärkta prober
Inga fluorescensmärkta sonder behövs.	Dubbelmärkta sonder är nödvändiga.
Multiplexgenanalys
Det kan inte användas för multiplexgenmål.	Den kan användas för multiplexgenmål.
Kosta
Detta är billigare.	Detta är dyrare.
specificitet
Detta är mindre specifikt och binder med vilken dubbelsträng DNA	Dessa är mycket specifika eftersom prober detekterar de specifika amplifieringsprodukterna.
effektivitet
Detta är mindre effektivt.	Detta är mycket effektivt.
Ansökan
Detta används i realtid PCR, agarosgelvisualisering, DNA-märkning etc.	Detta används i realtids-PCR, kvantifiering av genuttryck, detektering av genetiska polymorfier, etc.

Sammanfattning - SYBR Green och Taqman

Taqman och SYBR green är två metoder som används i realtid PCR (kvantitativ PCR). Båda metoderna möjliggör kvantifiering av PCR-produkten effektivt och förlita sig på fluorescensutsläppet. Taqman-metoden använder dubbla märkta sonder för detektering av det ackumulerade DNA medan SYBR Green-metoden använder ett fluorescerande färgämne. Båda dessa metoder har också olika tillämpningar inom molekylärbiologi.

Referens:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour och Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Jämförelse av SYBR Green och TaqMan metoder i kvantitativ real-time polymeras kedjereaktionsanalys av fyra adenosinreceptorsubtyper." Avancerad biomedicinsk forskning. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 mars 2017.
2. "Realtids-PCR-grundprinciper." Realtids-PCR, kvantitativ (qPCR), primer och mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Webb. 13 mars 2017.
3. "SYBR Green och Other Real-Time PCR Färger." Biocompare. NP, 05 Apr. 2010. Web. 14 mars 2017

Image Courtesy:
1. "PCR med SYBR green" Av -Ygonaar 23:09, 7 mars 2006 (UTC) - Det är en graf skapad av Ygonaar med Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619.528
2. "Taqman" Av Användare: Braindamaged - Egent arbete (Public Domain) via Commons Wikimedia