Skillnad mellan genotyping och sekvensering

Key Difference - Genotyping vs Sequencing
 

Genotypning och sekvensering är två tekniker som utförs för att erhålla information om nukleinsyrorna, huvudsakligen DNA från en organism. Den viktigaste skillnaden mellan genotyping och sekvensering är det genotypning är processen att bestämma vilken genetisk variant individen har med användning av markörer medan sekvensering är bestämningen av den korrekta ordningen av nukleotidsekvensen inom det givna fragmentet av DNA.

INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är Genotyping
3. Vad är sekvensering
4. Jämförelse vid sida vid sida - Genotyping vs Sequencing
5. Sammanfattning

Vad är Genotyping?

Genotyping är bestämningen av den genetiska sminken hos en individ som använder en sekvens av DNA och markörer och jämförelse och identifiering av dess arv. Genotyping är viktig i organismens evolutionära biologi, populationsbiologi, taxonomi, ekologi och genetik. Det kan utföras med olika tekniker, inklusive DNA-sekvensering, polymeraskedjereaktion, restriktionsfragmentlängdspolymorfism (RFLP), slumpmässig amplifierad polymorf detektion, amplifierad fragmentlängdspolymorfism (AFLP), DNA-mikroarrays, etc.

Genotyping involverar sekvensering av specifika små fragment av DNA-sekvenser och upptäckt av relateradhet hos den genetiska kompositionen med andra individer som använder genetiska markörer. Det bestämmer de enkla nukleotidpolymorfismerna (SNP) bland individerna eller de specifika allelerna. Genotypning gäller för ett brett spektrum av organismer inklusive människor. Det kan också användas för mikroorganismer som virus, svampar etc. och kan användas för att bestämma deras genetiska varianter med referensprofilerna. I molekylär epidemiologi och rättsmedicinsk mikrobiologi sker kontroll av patogener, särskilt mikroorganismer, med informationen som erhålls genom genotypning. Genotypning är mycket viktigt vid stamtavla analys. Människor är genotyper för att bekräfta moderskap och faderskap. Genotypen kommer att avslöja dominerande och recessiva alleler av gener som bestämmer specifika egenskaper.

Figur_1: RFLP Genotyping

Vad är sekvensering?

Sekvensering är processen att bestämma den korrekta ordningen av nukleotiden i ett givet fragment av DNA eller RNA. Praktiskt taget all information som krävs för tillväxt och utveckling av en organism kodas i sitt genom. Tillgängligheten av tekniker för framställning och separering av några hundra nukleotider med långa nukleinsyror resulterade i utvecklingen av förfaranden för att bestämma den exakta nukleotidsekvensen för ett givet fragment av DNA eller RNA. Olika typer av sekvenseringsmetoder är tillgängliga idag. Dessa sekvenseringsmetoder, tillsammans med teknikerna för konstruktion av genombibliotek som representerar hela genomet av en organism, underlättar sekvenseringen av hela organismen genom att göra en djup analys av genstrukturer, genfunktioner, genställen, genuttryck, gen kartläggning, genreglering regioner etc.

De totala genomerna av många virus, flera bakterier, archaebakterier, jäst och flera andra organismer har sekvenserats och kartlagts. Mänskliga genomprojekt har gjort det möjligt att sekvensera och kartlägga hela mänskliga genomet och publicera sitt första utkast 2003. Det är en viktig milstolpe i utvecklingen av biologi. Mänskliga genomsekvenser används nu inom den medicinska sektorn för att identifiera genetiska orsaker till sällsynta sjukdomar, screen-sjukdomsrisk hos nyfödda, identifiera genetiska detaljer för olika cancerformer, utveckla nya terapier och utveckla nya diagnostiska verktyg, etc.

I växtvärlden har risgenom och Arabidopsis genomer sekvenserats. Kunskap om dessa sekvenser kommer utan tvivel att revolutionera vår förståelse för hur celler och organismer fungerar.

Figur_2: En autoradiograf av sanger-sekvensering

Vad är skillnaden mellan genotyping och sekvensering?

Genotyping vs sekventering
Genotyping är processen att bestämma en persons genetiska sammansättning och kontrollera gruppen eller taxonomin för den organismen.	Sekvensering är processen att bestämma den exakta ordningen av nukleotider av ett givet DNA eller RNA-fragment.
Tekniker
RFLP, gensekvensering, PCR, DNA-mikroarrays, AFLP etc.	Sanger-sekvensering, Gilbert-sekvensering, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun-sekvensering etc.
Viktiga bekymmer
Detta är mer oroat över huruvida genotypskillnaderna ger de faktiska fenotypskillnaderna.	Detta är mer oroat över nukleotidernas ordning och dess skillnader och förändringar med andra organismer.

Sammanfattning - Genotyping vs Sequencing

Genotypning och sekvensering är användbara för att studera organismernas genetiska information. Genotyping är processen att bestämma genotypsvariationer bland individer och hitta deras kategorier. Sekvensering är processen att bestämma den korrekta ordningen av nukleotiderna i det intresserade fragmentet eller DNA-regionen. Båda teknikerna ger viktig information om gener och genomer.

Referens:
1. "Genotypmetoder". Metoder i molekylärbiologi (Clifton, N.J.). U.S. National Library of Medicine, n.d. Webb. 20 februari 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin, och M. D. Shriver. "Smältkurvanalys av SNPs (McSNP®): En gelfri och billig metod för SNP Genotyping." BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. webb.

Image Courtesy:
1. "RFLP genotyping" Av (okänd) - National Institute of Health (Public Domain) via Commons Wikimedia
2. "Radioaktiv fluorescerande" Av Abizar på engelska Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia